Рубена Варданяна обвиняют по 16 статьям УК Азербайджана. В частности, ему вменяют якобы "инициирование террористической операции "Немезис-2" против азербайджанских дипломатов и других служащих за рубежом".
Кроме того, азербайджанские власти утверждают, что "преступное сообщество", созданное на территории Азербайджана, действовало под руководством бывших президентов Армении Роберта Кочаряна и Сержа Саркисяна, экс-премьера Вазгена Манукяна, экс-министра обороны Вазгена Саркисяна, бывшего министра обороны НКР Самвела Бабаяна, бывших секретарей Совбеза Нагорного Карабаха Виталия Баласаняна и Аршавира Гарамяна, писателя Зория Балаяна, экс-главы МО Армении Сейрана Оганяна, героя Армении и Арцаха Монте Мелконяна и других лиц. По версии следствия, целью этой группы была так называемая "военная агрессия против Азербайджана и оккупация азербайджанских земель".